Semasa Perang Arab Israel 1948 (juga dipanggil Perang Kemerdekaan Israel) . Moshe Dayan mengetuai pasukan pertahanan penempatan Yahudi di Lembah Jordan. Selepas kejayaan awal, Moshe diberikan kepimpinan satu batalion pejuang Haganah yang membuat serangan ke atas kota Lydda (kini Lod) dan membantu menyekat kemaraan askar-askar Mesir di medan pertempuran selatan.

Tuduhan Kegiatan Zalim Batalion 89

Moshe Dayan mengepalai Batalion 89 dalam serangan ke atas Lydda dan Ramla. Kesan daripada serangan ini, lebih 250 orang awam di Lydda terbunuh, sedangkan pasukan Israel hanya mengalami korban 4 orang terbunuh. Persoalan ditanya mengapa ketidakseimbangan bilangan korban.
Pihak Arab mendakwa bahawa korban Arab bukanlah pejuang dan pelampau seperti yang didakwa oleh pihak Israel tetapi adalah orang awam yang diserang dan dibunuh di dalam Masjid Dahmash. Sebelum itu, orang Arab diberikan jaminan akan selamat sekiranya berkumpulan di masjid tersebut. Malangnya, satu letupan grenad mengakibatkan 4 orang askar Israel terbunuh. Tentera Israel membalas dengan membunuh lebih 100 orang yang berkumpul di masjid. Penduduk Arab dikerah meninggalkan kampung halaman mereka, dan lebih 60,000 orang Arab terpaksa menjadi pelarian di Kem Ramallah. Semasa perjalanan ke Ramallah, lebih 350 orang Arab mati disebabkan keadaan uzur.
Oleh kerana Moshe Dayan memerintah Batalion 89, adalah mustahil baginya untuk tidak mengetahui kezaliman yang dilakukan oleh batalionnya pada malam kejadian. Tetapi tidak ada apa-apa tindakan jenazah diambil ke atas mana-mana anggota batalion itu. Sekiranya Standard Yamashita (kadangkala dikenali sebagai Standard Medina) diambil pakai, Moshe Dayan juga tidak terlepas daripada tanggungjawab pemerintahan (command responsibility) kerana standard ini menyatakan “apabila tindakan dendam berlaku dan tiada percubaan dilakukan oleh pegawai pemerintah untuk mengetahui dan menghentikan tindakan jenayah itu, pemerintah itu adalah bertanggungjawab, sehinggakan boleh disabitkan jenayah”.